Agent skill

thesis-workspace-init

初始化中文毕业论文工作区：检查学校模板与已有材料的放置位置，明确提示当前还缺什么，建立 `codex_md/` / `claude_md/` / `tmp_layout*/` 等中间层目录，并生成材料盘点与初始工作文件。 **Trigger**: 毕业论文初始化, thesis workspace, 中文毕业论文准备, 模板归位, 材料盘点, 初始化论文工程. **Use when**: 你要开始一条毕业论文重构流程，手头已经有学校模板、旧 `tex`、PDF、Overleaf 源稿、bib 或图表材料，需要先把工程和中间层搭起来。 **Skip if**: 工作区已经稳定，且 `codex_md/material_index.md`、`codex_md/question_list.md`、`codex_md/00_thesis_outline.md` 都已存在并在使用。 **Network**: none. **Guardrail**: 不改正文内容；不把 `chapters/` 当思考区；不在 repo root 散落毕业论文工件。

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SKILL.md

Thesis Workspace Init

初始化一条中文毕业论文重构流程所需的工作区，而不是只复制通用 workspace 模板。

这个 skill 负责四件事：

  1. 检查材料是否放在对的位置
  2. 明确写出“当前还缺什么 / 哪些位置异常 / 哪些需要用户确认”
  3. 建立毕业论文专用中间层目录与初始文件
  4. 生成材料盘点与待补信息清单

Inputs

建议至少具备以下材料中的一部分：

  • 学校模板或现有论文仓库
  • main.tex
  • 已有 chapters/*.tex
  • pdf/ 下的已发表 / 已投稿论文
  • Overleaf_ref/ 下的源稿或修回稿
  • references/ 下的 bib / 样式文件
  • 题目、学号、年份等基础元信息

Outputs

  • codex_md/material_index.md
  • codex_md/material_readiness.md
  • codex_md/missing_info.md
  • codex_md/question_list.md
  • codex_md/00_thesis_outline.md
  • claude_md/review_checklist.md
  • tmp_layout/
  • tmp_layout2/
  • mermaid/（位于 codex_md/mermaid/）

Load Order

Always read:

  • references/overview.md
  • references/material-placement.md

Machine-readable contract:

  • assets/workspace_contract.json

Workflow

  1. 检查是否已经存在可用工作区
  • 如果核心中间工件已经齐全，只补缺，不重置
  1. 盘点材料放置位置
  • 对照 references/material-placement.md
  • 标出“已有 / 缺失 / 位置异常 / 待人工确认”
  1. 初始化毕业论文专用中间层
  • 建立 codex_md/、claude_md/、tmp_layout/、tmp_layout2/
  • 生成最小工作文件骨架
  1. 写出材料盘点、就绪度和缺口清单
  • codex_md/material_index.md
  • codex_md/material_readiness.md
  • codex_md/missing_info.md
  1. 生成本轮工作入口
  • codex_md/question_list.md
  • codex_md/00_thesis_outline.md

Script

Quick Start

  • python .codex/skills/thesis-workspace-init/scripts/run.py --workspace <workspace_dir>

All Options

  • --workspace <dir>

Notes

  • 当前脚本只做目录与骨架文件初始化，不负责正文抽取与重构。
  • 如果还没有标准 workspace，可以先使用现有 workspace-init，再运行这个 skill 补齐毕业论文专用结构。

Block Conditions

遇到以下情况应停止并先修正：

  • 没有任何可用模板或现有论文工程
  • main.tex 完全缺失且也没有可替代的源稿入口
  • 材料散落且无法判断哪个目录才是权威来源

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thesis-compile-review

对中文毕业论文进行编译、warning 分级、模板模式检查、数据与引用复查，并把问题回写成可继续迭代的 review checklist。 **Trigger**: 毕业论文编译检查, thesis compile review, warning 分级, 终稿复查, main.pdf 检查. **Use when**: 论文已经回写到 TeX 交付层，需要确认是否真正达到“可提交”的质量，而不是只做到能编译。 **Skip if**: 还处于中间层重构阶段，`chapters/*.tex` 尚未形成稳定交付稿。 **Network**: none. **Guardrail**: 不在这里重构章节主线；如果发现结构问题，明确回退到上游修复。

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front-matter-writer

Write the survey's front matter files (Abstract, Introduction, Related Work, Discussion, Conclusion) in paper voice, with high citation density and a single evidence-policy paragraph. **Trigger**: front matter writer, introduction writer, related work writer, abstract writer, discussion writer, conclusion writer, 引言, 相关工作, 摘要, 讨论, 结论. **Use when**: you are in C5 (prose allowed) and need the paper-like shell to stop the draft reading like stitched subsections. **Skip if**: `Approve C2` is missing in `DECISIONS.md`, or `citations/ref.bib` is missing. **Network**: none. **Guardrail**: no invented facts/citations; no pipeline jargon in final prose; no repeated evidence disclaimers; only use keys present in `citations/ref.bib`.

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thesis-question-list

维护中文毕业论文的 `codex_md/question_list.md`：把本轮问题、边界、优先级、协作方案和验收口径结构化，作为整条 thesis pipeline 的控制面。 **Trigger**: 毕业论文问题清单, thesis question list, 论文修改清单, 本轮目标, 结构问题梳理, review问题整理. **Use when**: 你已经有一批材料或上一轮 review 结果，需要明确这一轮到底修什么、不修什么，并给后续重构与编译复查提供统一入口。 **Skip if**: 当前只是在做一次性局部措辞修改，且没有形成新一轮结构/证据/编译问题。 **Network**: none. **Guardrail**: 不在这里写正文；不把问题单写成长篇散文；每条问题必须可执行、可验收。

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novelty-matrix

Create a novelty/prior-work matrix comparing the submission’s contributions against related work (overlaps vs deltas). **Trigger**: novelty matrix, prior-work matrix, overlap/delta, 相关工作对比, 新颖性矩阵. **Use when**: peer review 中评估 novelty/positioning，需要把贡献与相关工作逐项对齐并写出差异点证据。 **Skip if**: 缺少 claims（先跑 `claims-extractor`）或你不打算做新颖性定位分析。 **Network**: none (retrieval of additional related work is out-of-scope unless provided). **Guardrail**: 明确 overlap 与 delta；尽量给出可追溯证据来源（来自稿件/引用/作者陈述）。

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protocol-writer

Write a systematic review protocol into `output/PROTOCOL.md` (databases, queries, inclusion/exclusion, time window, extraction fields). **Trigger**: protocol, PRISMA, systematic review, inclusion/exclusion, 检索式, 纳入排除. **Use when**: systematic review pipeline 的起点（C1），需要先锁定 protocol 再开始 screening/extraction。 **Skip if**: 不是做 systematic review（或 protocol 已经锁定且不允许修改）。 **Network**: none. **Guardrail**: protocol 必须包含可执行的检索与筛选规则；需要 HUMAN 签字后才能进入 screening。

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rubric-writer

Write a rubric-based peer review report (`output/REVIEW.md`) using extracted claims and evidence gaps (novelty/soundness/clarity/impact). **Trigger**: rubric review, referee report, peer review write-up, 审稿报告, REVIEW.md. **Use when**: peer-review pipeline 的最后阶段（C3），已有 `output/CLAIMS.md` + `output/MISSING_EVIDENCE.md`（以及可选 novelty matrix）。 **Skip if**: 上游产物未就绪（claims/evidence gaps 缺失）或你不打算输出完整审稿报告。 **Network**: none. **Guardrail**: 给可执行建议（actionable feedback），并覆盖 novelty/soundness/clarity/impact；避免泛泛而谈。

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