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reference-management

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SKILL.md

Skill: Reference Management

參考文獻管理技能 - 從搜尋、儲存到格式化的完整文獻管理

觸發條件

用戶說法 觸發
存這篇、save、儲存文獻 ✅
我的文獻、列出 references ✅
這篇的詳細資料、citation ✅
格式化、reference list ✅
PDF、全文 ✅
foam、wikilink ✅

⚠️ 核心規則：MCP-to-MCP 優先

🔒 儲存文獻的正確方式

方法 資料來源 優先級
save_reference_mcp(pmid) pubmed-search API 直取 🥇 永遠優先
save_reference(article) Agent 傳遞 metadata 🥈 Fallback

為什麼？

  • save_reference_mcp: mdpaper 直接從 pubmed-search HTTP API 取得驗證資料
  • save_reference: Agent 可能修改/幻覺書目資料（標題、作者、期刊名）

分層信任格式：

🔒 VERIFIED: PubMed 原始資料（不可修改）
🤖 AGENT: AI 筆記（agent_notes 參數）
✏️ USER: 人類筆記（AI 絕不碰觸）

可用 MCP Tools

1️⃣ save_reference_mcp ⭐ PRIMARY

用途：用 PMID 儲存文獻（推薦）

參數：

pmid: str          # PubMed ID（必填）
agent_notes: str   # Agent 的筆記（選填）
project: str       # 專案 slug（選填，預設當前專案）

呼叫範例：

python
mcp_mdpaper_save_reference_mcp(
    pmid="31645286",
    agent_notes="Key paper on AI in anesthesiology, discusses remimazolam safety"
)

成功回應：

✅ Reference saved via MCP-to-MCP
📚 PMID: 31645286
📖 Title: [從 API 取得的標題]
...

失敗回應 → 改用 save_reference()：

⚠️ pubmed-search API not available. Using save_reference() as fallback.

2️⃣ save_reference (Fallback)

用途：當 API 不可用時的備援方案

參數：

article: dict      # 完整的文獻 metadata（從搜尋結果）
agent_notes: str   # Agent 的筆記（選填）
project: str       # 專案 slug（選填）

⚠️ 注意：只有在 save_reference_mcp 失敗時才使用！

3️⃣ list_saved_references

用途：列出專案中所有已儲存的文獻

參數：

project: str       # 專案 slug（選填）

呼叫範例：

python
mcp_mdpaper_list_saved_references()

回應格式：

📚 **Saved References (15 total)**

- **31645286** 📄: Impact of liberal preoperative... (2019)
- **28924371**: Machine learning in anesthesia... (2018)
...

*📄 = PDF fulltext available*

4️⃣ search_local_references

用途：在已儲存的文獻中搜尋關鍵字

參數：

query: str         # 搜尋關鍵字（必填）

呼叫範例：

python
mcp_mdpaper_search_local_references(query="remimazolam")

5️⃣ get_reference_details

用途：取得單篇文獻的完整資訊（含格式化引用）

參數：

pmid: str          # PubMed ID（必填）

回應包含：

  • 標題、作者、期刊、年份、DOI
  • 是否有 Abstract、PDF
  • 預格式化引用（Vancouver、APA、Nature、In-text）

6️⃣ check_reference_exists

用途：檢查文獻是否已儲存

參數：

pmid: str          # PubMed ID（必填）

用途場景：

  • 搜尋後想知道哪些已經存過
  • 避免重複儲存

7️⃣ read_reference_fulltext

用途：讀取已下載的 PDF 全文

參數：

pmid: str          # PubMed ID（必填）
max_chars: int     # 最大字元數（預設 10000）

限制：只有從 PubMed Central 下載的 Open Access PDF 才有

8️⃣ format_references

用途：格式化引用清單

參數：

pmids: str         # 逗號分隔的 PMID 列表（必填）
style: str         # 引用格式（預設 vancouver）
journal: str       # 期刊名稱（選填，用於特定期刊格式）

支援格式：vancouver, apa, harvard, nature, ama, mdpi, nlm

呼叫範例：

python
mcp_mdpaper_format_references(
    pmids="31645286,28924371,33160604",
    style="vancouver"
)

9️⃣ set_citation_style

用途：設定專案的預設引用格式

參數：

style: str         # 引用格式（必填）

支援格式：vancouver, apa, harvard, nature, ama

🔟 rebuild_foam_aliases

用途：重建 Foam 相容的 wikilink 檔案

參數：

project: str       # 專案 slug（選填）

什麼時候用：

  • 升級專案結構後
  • wikilink 連結壞掉時
  • 需要在 VS Code Foam 中瀏覽文獻網絡時

標準工作流程

流程 A：搜尋並儲存文獻

mermaid
graph TD
    A[搜尋文獻] --> B{找到想要的?}
    B -->|是| C[確認 PMID]
    C --> D[save_reference_mcp pmid]
    D --> E{成功?}
    E -->|是| F[完成]
    E -->|否| G[save_reference article]

步驟：

  1. 使用 pubmed-search 搜尋文獻
  2. 用戶選擇要儲存的文獻
  3. 呼叫 save_reference_mcp(pmid="...")
  4. 如果失敗，改用 save_reference(article={...})

流程 B：瀏覽已儲存文獻

python
# 1. 列出所有文獻
mcp_mdpaper_list_saved_references()

# 2. 查看特定文獻詳情
mcp_mdpaper_get_reference_details(pmid="31645286")

# 3. 讀取全文（如有）
mcp_mdpaper_read_reference_fulltext(pmid="31645286")

流程 C：格式化引用清單

python
# 1. 設定引用格式（可選）
mcp_mdpaper_set_citation_style(style="vancouver")

# 2. 格式化多篇文獻
mcp_mdpaper_format_references(
    pmids="31645286,28924371",
    style="vancouver"
)

Agent Notes 使用指南

agent_notes 參數用於記錄 AI 對文獻的分析：

好的 agent_notes 範例：

"Key systematic review on remimazolam safety. Covers: cardiovascular stability, 
respiratory effects, reversal with flumazenil. Limitation: only ICU patients."

不好的 agent_notes：

"重要文獻" ← 太模糊

建議內容：

  • 為什麼選這篇（與研究主題的關聯）
  • 關鍵發現摘要
  • 方法學優缺點
  • 可引用的具體數據

與其他 Skills 的關係

相關 Skill 關係
literature-review 搜尋後呼叫本技能儲存
draft-writing 寫草稿時需要引用已儲存文獻
concept-development 驗證 novelty 時需要文獻支持

常見問題

Q: 為什麼一定要用 save_reference_mcp？

A: 確保書目資料正確。Agent 可能誤改標題、作者名（幻覺），MCP-to-MCP 直取資料可避免此問題。

Q: save_reference_mcp 失敗怎麼辦？

A:

  1. 檢查 pubmed-search MCP 是否運行
  2. 檢查網路連線
  3. 改用 save_reference() 作為 fallback

Q: PDF 下載失敗？

A: 只有 PubMed Central 的 Open Access 文獻才能下載 PDF。其他文獻需手動上傳。

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