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pubmed-export-citations-u9401066-pubmed-search-mcp-6959bf00

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SKILL.md

引用匯出指南

描述

將搜尋結果匯出為各種引用格式，支援 EndNote、Zotero、Mendeley 等常見文獻管理軟體。

觸發條件

  • 「匯出這些文獻」
  • 「轉成 RIS/BibTeX 格式」
  • 「我要匯入 EndNote/Zotero/Mendeley」
  • 「下載引用格式」

支援格式

格式 副檔名 支援軟體 推薦用途
RIS .ris EndNote, Zotero, Mendeley 📌 通用首選
BibTeX .bib LaTeX, JabRef, Overleaf 📌 學術寫作
CSV .csv Excel, 數據分析 資料整理
MEDLINE .txt PubMed 原生格式 備份保存
JSON .json 程式處理 自動化流程

基本用法

匯出指定 PMID

python
prepare_export(pmids="30217674,28523456,35678901", format="ris")

匯出上次搜尋結果

python
# 先搜尋
search_literature(query="remimazolam", limit=30)

# 再匯出（使用 "last"）
prepare_export(pmids="last", format="ris")

格式範例

RIS 格式（EndNote/Zotero/Mendeley）

TY  - JOUR
AU  - Doi, Mitsuharu
AU  - Hirata, Nobuhiro
TI  - Remimazolam versus midazolam for procedural sedation
JO  - Anesthesiology
PY  - 2020
VL  - 132
IS  - 1
SP  - 63
EP  - 74
DO  - 10.1097/ALN.0000000000002435
PM  - 30217674
AB  - Background: Remimazolam is a novel...
ER  -

BibTeX 格式（LaTeX）

bibtex
@article{Doi2020,
  author = {Doi, Mitsuharu and Hirata, Nobuhiro and ...},
  title = {Remimazolam versus midazolam for procedural sedation},
  journal = {Anesthesiology},
  year = {2020},
  volume = {132},
  number = {1},
  pages = {63--74},
  doi = {10.1097/ALN.0000000000002435},
  pmid = {30217674}
}

CSV 格式

csv
PMID,Title,Authors,Journal,Year,DOI
30217674,"Remimazolam versus midazolam...","Doi M, Hirata N, ...","Anesthesiology",2020,"10.1097/..."
28523456,"Phase 2 study of...","Author A, Author B, ...","J Clin Pharm",2019,"10.1002/..."

MEDLINE 格式

PMID- 30217674
OWN - NLM
STAT- MEDLINE
DCOM- 20200115
LR  - 20200115
IS  - 1528-1175 (Electronic)
VI  - 132
IP  - 1
DP  - 2020 Jan
TI  - Remimazolam versus midazolam for procedural sedation.
PG  - 63-74
AB  - Background: Remimazolam is a novel...
AU  - Doi M
AU  - Hirata N
...

匯出選項

包含/排除摘要

python
# 包含摘要（預設）
prepare_export(pmids="30217674", format="ris", include_abstract=True)

# 不包含摘要（檔案較小）
prepare_export(pmids="30217674", format="ris", include_abstract=False)

各軟體匯入指南

EndNote

  1. 匯出 RIS 格式
  2. EndNote → File → Import → File
  3. 選擇 .ris 檔案
  4. Import Option: "RefMan RIS"

Zotero

  1. 匯出 RIS 格式
  2. Zotero → File → Import
  3. 選擇 .ris 檔案
  4. 自動識別格式

Mendeley

  1. 匯出 RIS 格式
  2. Mendeley → File → Import → RIS
  3. 選擇 .ris 檔案

LaTeX (Overleaf)

  1. 匯出 BibTeX 格式
  2. 上傳 .bib 檔案到專案
  3. 使用 \cite{Doi2020}

JabRef

  1. 匯出 BibTeX 格式
  2. JabRef → File → Open
  3. 選擇 .bib 檔案

完整工作流程

情境：系統性文獻回顧的引用管理

python
# Step 1: 執行系統性搜尋
materials = generate_search_queries(topic="remimazolam ICU sedation")

# Step 2: 多策略搜尋
r1 = search_literature(query="remimazolam ICU sedation[Title]", limit=100)
r2 = search_literature(query="remimazolam sedation[MeSH]", limit=100)

# Step 3: 合併去重
merged = merge_search_results(results_json='[...]')

# Step 4: 取得詳細資訊
details = fetch_article_details(pmids=",".join(merged["unique_pmids"]))

# Step 5: 匯出到 EndNote
export_ris = prepare_export(pmids=",".join(merged["unique_pmids"]), format="ris")

# Step 6: 同時匯出 Excel（方便篩選）
export_csv = prepare_export(pmids=",".join(merged["unique_pmids"]), format="csv")

大量匯出

超過 20 篇論文

python
# 大量匯出會返回檔案路徑而非內容
result = prepare_export(pmids="pm1,pm2,...,pm100", format="ris")
# result = {"file_path": "/tmp/pubmed_export_20240115.ris", "count": 100}

批次處理建議

python
# 分批匯出（每批 50 篇）
all_pmids = [...]  # 500 篇
batch_size = 50

for i in range(0, len(all_pmids), batch_size):
    batch = all_pmids[i:i+batch_size]
    prepare_export(pmids=",".join(batch), format="ris")

特殊用途

資料分析

python
# 匯出 CSV 到 Excel
prepare_export(pmids="last", format="csv")

# 或 JSON 給程式處理
prepare_export(pmids="last", format="json")

備份原始資料

python
# MEDLINE 格式保留最完整資訊
prepare_export(pmids="last", format="medline")

自動化流程

python
# JSON 格式方便程式解析
data = prepare_export(pmids="30217674,28523456", format="json")
# 可以直接 json.loads(data) 使用

引用格式對照

同一篇論文在不同格式

欄位 RIS BibTeX CSV
作者 AU author Authors
標題 TI title Title
期刊 JO journal Journal
年份 PY year Year
DOI DO doi DOI
PMID PM pmid PMID

小技巧

1. 快速匯出上次搜尋

python
# 搜尋後直接用 "last"
search_literature(query="...", limit=50)
prepare_export(pmids="last", format="ris")

2. 選擇正確格式

EndNote/Zotero/Mendeley → RIS
LaTeX/Overleaf → BibTeX
Excel 分析 → CSV
程式處理 → JSON
備份保存 → MEDLINE

3. 驗證匯出

匯入前建議先：

  1. 確認筆數正確
  2. 抽查幾篇的 DOI/PMID
  3. 檢查作者、標題是否完整

4. 去重後再匯出

python
# 合併多次搜尋後再匯出
merged = merge_search_results(results_json='[...]')
prepare_export(pmids=",".join(merged["unique_pmids"]), format="ris")

常見問題

Q: 匯入後缺少摘要？

A: 確認使用 include_abstract=True（預設）

Q: 特殊字符亂碼？

A: RIS/BibTeX 使用 UTF-8 編碼，確認軟體支援

Q: BibTeX citation key 重複？

A: 預設使用 AuthorYear 格式，如 Doi2020，同年同作者會加後綴 Doi2020a, Doi2020b

Q: 要引用幾百篇？

A: 建議分批匯出，或使用 MEDLINE 格式（最穩定）

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